Joke Boonstra is vicevoorzitter van de raad van bestuur van het Erasmus MC. Zij is tevens voorzitter van het ROAZ-ZWN. Van 2013 tot 2017 was Boonstra bestuurder van het IJsselland Ziekenhuis, waarna ze de overstap maakte naar het Erasmus MC.
Ze heeft een achtergrond als klinisch chemicus en volgde opleidingen aan INSEAD en IMD business school. Tot haar portefeuille behoren onder andere HR, kwaliteit en patiëntenzorg en diversiteit en inclusie. Zij zet zich daarnaast in voor de duurzaamheidstransitie van gezondheidszorg en heeft een adviesrol binnen MVO Nederland.
Boonstra is lid van de raad van toezicht van De Doelen en lid van de raad van commissarissen van PlantLab.