Hij is de opvolger van Marian Joëls, die vanwege het naderen van de pensioengerechtigde leeftijd afscheid van het UMCG neemt. Als decaan wordt Niessen binnen de raad van bestuur verantwoordelijk voor de portefeuille Onderwijs en Onderzoek.
Hoogleraar
Momenteel is Niessen hoogleraar Biomedische Beeldanalyse aan het Erasmus MC in Rotterdam waar hij leiding geeft aan de Biomedical Imaging Group Rotterdam en aan de faculteit Technische Natuurwetenschappen van de TU Delft