Samen denken zij nog beter onderzoek te kunnen doen naar de overeenkomsten en verschillen van kanker bij kinderen, jongeren en volwassenen. Dit kan belangrijke gevolgen hebben voor de manier waarop we deze groepen met specifieke soorten kanker behandelen.
RNA sequencing
Veranderingen in zowel het DNA als het RNA kunnen belangrijke aanwijzingen geven over de precieze kankersoort, de agressiviteit van de tumor, en het mogelijke effect van doelgerichte medicijnen. Sinds de opening van het Prinses Máxima Centrum in 2018 wordt bij alle kinderen met kanker in Nederland al het beschikbare RNA in een stukje tumorweefsel bestudeerd met behulp van zogenoemde RNA-sequencing en het DNA met behulp van whole exome sequencing (WES). Deze samenwerking richt zich op analyse van het volledige DNA: whole genome sequencing (WGS). Ook Hartwig analyseert het complete DNA van patiënten en hun tumoren met behulp van WGS. Daarnaast beheert de stichting de grootste database ter wereld met gegevens van patiënten met kanker.
Prinses Máxima Centrum
Bastiaan Tops, hoofd van het kinderoncologisch lab van het Máxima, heeft als doel om de analyse van het gehele DNA vast onderdeel van de moleculaire diagnostiek te maken. Dit is een belangrijke stap daar naartoe: “De methoden die we nu gebruiken geven ons informatie die nodig is zodat de kinderoncoloog ieder kind een passende behandeling voor kan schrijven. Wat het echter niet geeft is een beeld van het complete tumor-DNA. Met de huidige techniek brengen we de DNA-veranderingen van alle genen in kaart, maar dat is maar 2 procent van het totale DNA, terwijl het complete overzicht juist voor onderzoekers heel erg interessant is.’ Een bijkomend voordeel is dat verschillende testen in één test worden gecombineerd die wordt uitgevoerd in het Máxima
Hartwig Medical Foundation
Hoogleraar Edwin Cuppen, wetenschappelijk directeur van Hartwig Medical Foundation: ‘Het in kaart brengen van het complete tumor-DNA is de laatste jaren steeds toegankelijker geworden door technologische ontwikkelingen en daling van kosten. Hartwig voert deze analyses al sinds 2015 uit en steeds meer ziekenhuizen in Nederland maken er inmiddels gebruik van voor diagnostiek bij bepaalde vormen van kanker bij volwassenen.’
Kankersoorten
De toename van het gebruik van whole genome sequencing biedt ook andere voordelen. Cuppen: “Deze techniek levert naast klinisch relevante informatie ook een enorme hoeveelheid data voor onderzoek op. Onderzoek naar de overeenkomsten en verschillen van kanker bij kinderen, jongeren en volwassenen wordt vergemakkelijkt. Dit kan belangrijke consequenties hebben voor de manier waarop we deze groepen met specifieke soorten kanker behandelen.”
Data sharing
De samenwerking tussen het Máxima en Hartwig richt zich voornamelijk op uniforme werkwijzen en omgang met data. Cuppen: ‘Als we in Nederland allemaal dezelfde laboratoriumprocedures en data-analyse uitvoeren, wordt het mogelijk om verschillende databases met elkaar te vergelijken en bepaalde analyses beter te maken. Zo zouden computeralgoritmes sneller kunnen ‘leren’ dankzij een grotere hoeveelheid data.’
Cloud technologie
Het Máxima richt zich onder meer op de omgang met grote hoeveelheden data via cloud technologie. Cloud computing technologie heeft een zo goed als onbeperkte opslagcapaciteit. Patrick Kemmeren, onderzoekgroepsleider in het Máxima: “Cloud technologie maakt data toegankelijk voor onderzoekers wereldwijd, zonder dat hierbij de privacy van individuele patiënten in het geding komt. Dit zou onderzoek naar de genetische aspecten rond zeldzame ziekte kinderkanker sterk versnellen.”
