Onderzoekers van het Universitair Medisch Centrum Groningen (UMCG) hebben een methode ontwikkeld om biologische data van 16.0000 kankerpatiënten te hergebruiken voor DNA-analyse. Hierdoor hebben ze een grootschalige studie naar het ontstaan van kanker kunnen doen. De studie is gepubliceerd in Nature Genetics.
Onderzoeksleider Lude Franke: “Het systematisch analyseren van het DNA van 16.000 tumoren is erg duur. In de afgelopen vijftien jaar is wel heel veel naar gen-expressie gekeken en deze metingen zijn openbaar beschikbaar. Wij hebben een nieuwe statistische methode ontwikkeld waardoor we die gegevens konden hergebruiken. We zagen dat bepaalde afwijkingen in het DNA erg vaak voorkomen, terwijl andere afwijkingen alleen bij specifieke tumoren, zoals borstkanker, voorkomen.”
Aangrijpingspunten
Volgens medisch-oncoloog Rudolf Fehrmann maakt deze methode het mogelijk om voor een moeilijk te behandelen groep van kankers, met veel fouten in het DNA, nieuwe potentiële therapeutische aangrijpingspunten te vinden. Fehrman: “Deze worden op dit moment verder onderzocht met experimenten in het laboratorium.”
De wetenschappers onderzochten 80.000 expressieprofielen om de methode te ontwikkelen. “Zo’n grootschalige big data aanpak was tot voor kort onmogelijk, maar met de komst van betere computers en nieuwe wiskundige technieken kan op deze manier zeer efficiënt onderzoek worden gedaan”, aldus UMCG.
